自进入90年代以来，特别是1992年初邓小平视察深圳、珠海、上海等地并发表了重要讲话，当年10月份在党的十四大上确定我国经济体制改革的目标是建立社会主义市场经济体制后，我所在全国不断深化经济体制改革形势的促进、推动下，在我国交通运输出现大发展的新形势中，先后在所长刘丽如、周侠平、边秉银、胡子祥和副所长江嘉言、李广群、吴凤维、赵永铮、宋孚瀛等领导下，至1998年共组织进行或参与研究了300多个课题（平均每年30多个），取得了一大批研究成果，为国家及各级政府部门和交通运输及有关企业提供了发展战略、发展规划、发展政策、管理及技术经济方案等咨询参考意见，对我国交通运输发展起到了积极作用。研究成果获得国家科技进步奖2项、省部委科技进步奖13项（参见我所荣获国家和省部委科技进步奖项目一览表）。

以最近三年（1996～1998）科研活动情况作为一个横断面来剖析，年均研究课题37项，撰写研究报告67篇（含分报告、专题报告）；在国家计委和宏观经济研究院刊物上发表文章12篇，其他各种报刊发表文章88篇。

3年来完成的主要课题共47项，其中院、所重点课题12项，配合国家计委交通能源司、基础产业发展司、国土地区司、外事司的课题10项，铁道部、交通部、科技部等部门和单位委托或合作研究课题17项，与世界银行、日本、韩国、荷兰、法国、加拿大等合作课题8项。

在第二阶段后十年，我所的研究工作从主要为国家政府部门服务转向为政府部门与交通运输管理部门及企业服务相结合，积极开拓研究工作领域，面向交通运输业主战场；同时，为了适应科研改革的发展，在全所范围内实行了由点到面、由浅入深的科研体制改革，全所的科研工作比80年代又有所拓展、有所进步、有所提高。这主要表现在下列方面：

1. 拓展研究领域，扩大研究课题来源。面对我国社会经济的发达和交通运输的发展，在国家政府部门下达研究任务减少、自有研究资金不足、社会咨询机构快速发展的状况下，努力拓展研究领域，尤其是主动对外联系，积极扩大研究课题来源，在保质保量完成国家研究任务的前提下，广泛争取委外研究课题以及国际合作课题。例如，原能源部委托的《中国能源运输发展战略研究》、总后军交部委托的《国防交通建设的资金筹措问题研究》、四川省委托的《三峡库区（四川境内）综合交通规划研究》、天津港务局委托的《天津港与腹地集疏运系统的研究与对策》、与世界银行合作的《北京－上海通道各种运输方式客流研究》等等。自90年代以来开展的研究项目中，委外研究课题占到三分之二以上，经费收入占课题经费总收入的80％。

又如，在研究课题的类型方面，为了适应面向市场的形势，增强开展综合性研究的能力，积极探索从经济、金融、法律，以及工程技术经济等角度拓展研究领域：1997年进行的《中国公路建设非传统资金来源研究》，从全社会范畴探讨基金、债券、股票和项目融资方式在未来公路建设中的使用；在《中德合资建设经营渤海湾铁路轮渡的方案研究》中，则从合资项目的方式、出资比例、税费等政策、外汇管理、经营和组织机构、合资程序等方面通过方案比选，为铁道部提供建议方案；《沈阳市城市间客运站可行性研究》，从经济、技术等方面对建设项目进行论证咨询；从1995年开始，为了从宏观上掌握交通运输的发展，由所内立题连续对交通运输生产和交通设施建设情况进行分析，对交通运输形势实行跟踪研究。通过这些项目的研究，走出了过去仅局限于研究运输战略、规划、方案等传统领域的框子，为今后我所的发展拓展了新领域。此外，根据客观需要，我所新组建了物流研究室、交通信息咨询中心、交通规划及地理信息系统中心等机构，为进一步开拓研究领域提供组织保证。

2. 采用新的研究技术和研究手段开展研究活动。地理信息系统集数据库与模型、逻辑运算与图形显示于一体，是当今国际上正在推广的一项新的规划方法。为追踪世界新技术，我所研究人员在通过国外培训、掌握国际先进技术和方法的基础上，积极开发了地理信息系统在我国交通规划中的应用。经过几年的开发和应用，现已完成了《黑龙江综合交通地理信息系统》、《广东省综合交通规划管理信息系统》、《中国集装箱运输发展规划研究管理信息系统》、《河南省交通管理信息系统》、《吉林省交通管理信息系统》等等一批课题，这不仅提高了我所研究水平，而且也使我所在交通规划地理信息系统应用方面走在全国前列。

3. 建立我所的网站和网页，成功开发了我国公共交通信息网。90年代初，我所利用从事综合性交通运输的特点，组建了全国交通运输经济信息网，并创办了《交通运输经济快讯》（周刊）；经过积极努力又建立了我所的网站、网页，并于1998年成功地开发了“中国交通信息（Trans China），建成了我国交通系统首家在国际互联网（Internet）上发布公共信息的网站。1996年我所经中国工程咨询协会审批取得了甲级工程咨询单位的资格。总之，创造了上述诸条件，有力地增强了我所面向社会的服务功能。

4. 科研体制改革不断深入。1992年，《综合运输》编辑部开始实行杂志经费收支全额承包，迈出了全所改革的第一步。1995 年，我所开始实施人事制度改革。首先，室、处级干部打破终身制，实行聘任制，室主任、处长竞聘上岗；其次，各处室及课题人员自由组合，由室主任、处长聘用。1998年又对所级领导实行任期制。为了适应科研体制的改革，加强科研管理，从1995年开始逐步制定了《综合运输研究所科研处室承包办法》、《综合运输研究所科研人员岗位责任制》、《综合运输研究所关于加强科研成果反映的试行办法》、《综合运输研究所所长基金的管理办法》、《科研室承包任务指标》、《综合运输研究所课题验收办法》、《课题归档办法》以及《科研成果评奖办法》等一系列条例和规定，使科研管理建立起科学、有序的制度。

5. 基本完成了新一代人员交替。如果说1979年至80年代中期，各室主任及科研骨干力量均为50年代和60年代参加工作的同志们；80年代后期～90年代中期，转移为60年代大学毕业后来所的同志们；自90年代中期起，则绝大部分室、处负责人（包括副所长）及科研骨干，已由80年代来所的大学生担任，这些同志年龄在35～45岁，年轻力壮，在竞争机制的促动下，培养了他们符合快节奏、高效率的才干和作风，且都掌握了外文和计算机技能，能参与国际互联网上操作和索取资料。